Ústav územního rozvoje vznikl 1. 9. 1994 rozhodnutím ministra hospodářství ČR č. 42/94.
V souladu s § 51 zákona č. 219/2000 Sb. se stal ÚÚR od 1. 1. 2001 organizační složkou státu. Na základě ustanovení tohoto zákona bylo vydáno rozhodnutím č. 47 ministra pro místní rozvoj ze dne 27. 9. 2001 Opatření o změně zřizovací listiny ÚÚR.
Náplň činnosti ústavu je zřizovací listinou v upraveném znění vymezena takto:
V roce 2006 probíhala činnost ústavu na všech úsecích, daných zřizovací listinou. Práce byly zajišťovány pracovníky ústavu, pomocí kooperantů formou smluv o dílo a dohodami o provedení práce v souladu s upraveným zněním zřizovací listiny ze dne 27.2.1998.
Zadávání, vedení a kontrola úkolů je prováděna odborem, který úkol zadal a Odborem územního plánování, který je dle opatření ministra pro místní rozvoj č. 3/99 zřizovatelským odborem ÚÚR. Zaměření práce, stejně jako rozsah a obsah jednotlivých úkolů, je průběžně projednáváno se zadavateli úkolů, zejména formou tzv. kontrolních dnů. Převzetí úkolů potvrzuje garant MMR vyplněním tzv. „předávacího protokolu úkolu ÚÚR“, kde hodnotí splnění zadání a kvalitu výstupu.
V roce 2006 došlo u několika úkolů v souvislosti s personálními změnami ke změně garanta ÚÚR, u jednotlivých dotčených úkolů jsou uvedeni všichni, kteří v průběhu roku za úkol zodpovídali.
Úkoly byly v roce 2006 zadávány především odborem územního plánování, dále pak odborem regionálního rozvoje, odborem bytové politiky, odborem realizace a rozvoje cestovního ruchu, odborem podpory bydlení, odborem územně a stavebně správním a odborem řídícího orgánu SROP a JPD Praha MMR.