V termínu 25.-26.5. 2006 byl proveden metodický dohled pracovníky oddělení finančních služeb MMR. Z hlediska metodiky vedení účetnictví nebyly zjištěny významné nedostatky ani závady.
V termínu od 6.6.-31.7. 2006 byla provedena veřejnosprávní kontrola za období od l.7.2003 do 31.3. 2006. Ve smyslu závěru kontrolní skupiny byly do 31.10.2006 vyvozeny důsledky za porušení směrnice ředitele ÚÚR k postupu uzavírání smluv. Do 31.12. 2006 byly odstraněny nedostatky z vedení účetnictví po formální a věcné stránce.
Dne 21.12. 2006 byla provedena pracovníkem Samostatného oddělení interního auditu MMR kontrola účinnosti vnitřního kontrolního systému v rámci vnitřního provozního a finančního řízení organizace ve smyslu zákona č. 320/2001 Sb. § 29 odst.5 a § 30 odst.7 o finanční kontrole ve veřejné správě. Bylo doporučeno zapracování postupu při podávání zpráv o výsledcích finančních kontrol dle § 22 odst. 6 zák. 320/2001 Sb. do interní směrnice ÚÚR a provést odborné proškolení pracovníků (vnitřní kontrolní systém).
V rámci vlastního kontrolního systému byly provedeny prověrky pokladny, nákupu softwaru a prověřeny namátkově položky v seskupení 516.