V roce 1999 probíhala činnost ústavu na všech úsecích, daných zřizovací listinou.
Práce byly zajišťovány pracovníky ústavu, pomocí kooperantů formou smluv o dílo a dohodami o provedení práce v souladu s upraveným zněním zřizovací listiny ze dne 27.2.1998.
Zadávání, vedení a kontrola úkolů je prováděna odborem, který úkol zadal a Odborem územního plánování, který je dle opatření č. 4/1999 zřizovatelským odborem ÚÚR. Zaměření práce, stejně jako rozsah a obsah jednotlivých úkolů, byly průběžně projednávány se zadavateli úkolů, zejména formou tzv. kontrolních dnů a oponentur.
Úkoly byly zadávány především odborem územního plánování MMR, dále pak odborem regionální a municipální politiky, odborem realizace místního rozvoje, odborem koncepce bytové politiky a odborem cestovního ruchu.