Vymezení a hodnocení nadregionálního ÚSES provádí MŽP. Změny ve vymezení nadregionálního ÚSES je možné uskutečňovat pouze ve výjimečných případech, a to na základě souhlasu Ministerstva životního prostředí, který je vyjádřen formou písemného stanoviska k navrženým úpravám. V případě biocenter je toto stanovisko vydáváno na základě vyhodnocení údajů z mapování dle Metodiky dokumentace nadregionálních biocenter. Konstitutivní znaky prvků nadregionálního systému nesmí být narušeny (reprezentativnost, minimální a maximální prostorové parametry, kontinuita systému).
Změnami vymezení nadregionálního ÚSES se rozumí všechny úpravy, které nelze označit za upřesnění definovaná v kapitole tohoto Návodu "Upřesňování prvků nadregionálního ÚSES oproti jejich vymezení v ÚTP".
Cílem územního plánování je vytvářet předpoklady k zabezpečení trvalého souladu všech přírodních, civilizačních a kulturních hodnot v území (§ 1 odst. (2) zákona). Proto je ÚSES v ÚPD a ÚPP upřesňován na základě
Do ÚPD všech stupňů se přebírá vymezení nadregionálního ÚSES včetně vyznačení obou typů hranic biocenter, cílových typů ekosystémů, typů os biokoridorů a republikových čísel prvků ÚSES. Upřesňování se provádí v souladu s tímto Návodem.
Na územních odborech MŽP, případně správách CHKO a NP si lze vyžádat výsledky dokumentace biocenter a upřesnění jejich hranic a jádrových území, provedená správcem nadregionálního ÚSES.
Ochrana a vytváření územního systému ekologické stability je veřejným zájmem (§ 4 zák. č. 114/1992 Sb.). Regulativy pro plochy ÚSES proto musí být formulovány tak, aby zajistily podmínky pro trvalou funkčnost prvků systému. Hlavní funkcí těchto ploch je uchování biodiverzity (rozmanitosti forem života) a podpora ekologické stability. Vedlejší funkce těchto ploch nesmí narušit funkci hlavní.
Vymezení a hodnocení regionálních ÚSES provádějí okresní úřady a správy národních parků a chráněných krajinných oblastí ( § 77 odst. (1) a § 78 odst. (1) zákona č. 114/1992 Sb.). Podkladem pro tuto jejich činnost je koncepce regionálních ÚSES obsažená v ÚTP, která vymezuje minimální počet regionálních biocenter a jejich propojení a zajišťuje úplnost a funkčnost systému na území ČR. Územně technické podklady pro celé území ČR pořizuje ústřední orgán územního plánování.
V rámci zpracování územně plánovací dokumentace, územně plánovacích podkladů nebo oborových dokumentů bude docházet k upřesňování a doplňování koncepce regionálních ÚSES převzaté z ÚTP. Výjimečně může docházet také k jejím změnám. Upřesňování a doplňování bude prováděno v rámci zpracování uvedených dokumentací a podkladů a projednáno s příslušným orgánem ochrany přírody v režimu předepsaném platnými právními předpisy. Změny budou konzultovány také s pořizovatelem ÚTP a s MŽP. Upřesňování, doplňování i navrhování změn bude probíhat v souadu s metodickými východisky tvorbyÚSES (Rukověť.).