Změnami vymezení regionálního ÚSES rozumíme všechny jeho úpravy, které nelze definovat jako výše uvedené upřesňování nebo doplňování. Především jde o vymezení náhradního biocentra se stejným cílovým typem ekosystémů ve stejném typu biochory v případě opuštění prostoru pro vymezení biocentra nebo přemístění vymezeného biocentra. Předpokladem pro vymezení náhradního biocentra je ověření funkčnosti a parametrů regionálního ÚSES v rámci bioregionu. Unikátní biocentra nelze nahradit.
Možnost rušení prvku bez náhrady nelze předpokládat.
Změny regionálního ÚSES oproti jeho vymezení v ÚTP mohou být navrženy zejména z důvodu potřeby zohlednit jiné významné funkce a společenské záměry v území, když bylo prokázáno, že neexistuje vhodnější řešení.
Protože změny představují závažný zásah do koncepce regionálních ÚSES v ČR, která je součástí evropské ekologické sítě, musí být konzultovány s Ministrestvem životního prostředí a s pořizovatelem ÚTP.
Cílem územního plánování je vytvářet předpoklady k zabezpečení trvalého souladu všech přírodních, civilisačních a kulturních hodnot v území (§ 1 odst. (2) zákona). Proto je ÚSES v ÚPD a ÚPP upřesňován na základě
Do ÚPD všech stupňů se přebírají prvky regionálního ÚSES včetně cílových typů ekosystémů a republikových čísel prvků ÚSES. Upřesňování, doplňování a případné změny se provádí v souladu s tímto Návodem a Rukovětí.
Ochrana a vytváření územního systému ekologické stability je veřejným zájmem (§ 4 zák. č. 114/1992 Sb.). Regulativy pro plochy ÚSES proto musí být formulovány tak, aby zajistily podmínky pro trvalou funkčnost prvků systému nebo zajistily územní rezervu pro doplnění prvků chybějících. Hlavní funkcí těchto ploch je uchování biodiverzity (rozmanitosti forem života) a podpora ekologické stability. Doplňkové funkce nesmí narušit funkci hlavní.