Nad rámec standardního obsahu územního plánu obce a po dohodě s orgánem ochrany přírody lze současně zadat zapracování změn ÚSES zpět do výchozího oborového dokumentu ochrany přírody.
Všechny dotčené subjekty jsou seznámeny s řešením ÚSES a s konceptem regulativů. Projednávání konceptu územního plánu slouží ke koordinaci a návaznosti různých záměrů, zájmů a programů v řešeném území, mnohdy protichůdných.
Při projednávání je potřebné oslovit také sousední obce (příp. sousední OkÚ) z důvodu návaznosti systému, a to i v případě, že neuplatnily požadavek na informování podle § 20 odst.4 stavebního zákona. Častým případem, vyplývajícím z metodických principů ÚSES, bude umístění nebo přesah některých prvků na území sousední obce. Její stanovisko je nutné zohlednit.
Při projednávání je třeba zdůraznit, že cílem vymezení ÚSES v územně plánovací dokumentaci je především územní ochrana ploch zahrnutých do ÚSES. Vylučuje se taková změna využití území, která snižuje ekologickou stabilitu plochy.
Realizace ÚSES představuje samostatnou činnost, která není na územní plánování časově vázána. Realizace je podmíněna mj. řešením vlastnických vztahů v projektu ÚSES, v komplexních pozemkových úpravách, nebo lesních hospodářských plánech. Práva vlastníků pozemků na stávající využití jsou přitom chráněna (Ústavní Listina - Občanský zákoník - Stavební zákon - ostatní platné právní předpisy), jejich omezení je možné pouze za zde stanovených podmínek. (K těmto podmínkám patří: omezení se děje ve veřejném zájmu, na základě zákona, pro účel v něm uvedený, jen v nezbytném rozsahu, prokáže-li se, že tohoto účelu nelze dosáhnout jinak, za náhradu a podle procesních pravidel stanovených stavebním zákonem).
Při projednání se uplatňují stanoviska řady orgánů státní správy, jejichž činnosti mají být horizontálně koordinovány. Pro ÚSES je důležité zejména stanovisko orgánu ochrany přírody a krajiny, který je zodpovědný za přírodovědnou správnost jeho vymezení. Pořizovatel dbá, aby toto stanovisko obsahovalo vyjádření k ÚSES i v případě, že k jeho vymezení nemá orgán ochrany přírody připomínky.
Na základě projednaného konceptu řešení zpracuje pořizovatel souborné stanovisko. Souborné stanovisko dohodne s dotčenými orgány státní správy, které uplatnily stanoviska ve stanovené lhůtě. Spolu s vyjádřením nadřízeného orgánu územního plánování a návrhem rozhodnutí o podaných námitkách jej předloží ke schválení obci.
Stavební zákon umožňuje upustit od zpracování konceptu řešení územního plánu obce, jestliže bylo řešení prověřeno urbanistickou studií, projednanou ve stejném rozsahu jako koncept řešení. Taková urbanistická studie musí mít také z hlediska ÚSES všechny náležitosti konceptu územního plánu. To znamená, že musí řešit celé území obce (obcí), vycházet z průzkumů a rozborů a výkresu limitů využití území a musí uvést do souladu všechny jeho funkce včetně ÚSES.