Regulativy pro plochy zahrnuté do ÚSES musí být formulovány tak, aby
Právo na stávající využití území přitom zůstává zachováno. Jeho omezení je možné pouze tam, kde jsou splněny podmínky pro omezení práv vlastníků vyplývající z Ústavní Listiny, občanského zákoníku, stavebního zákona, zákona o ochraně přírody a krajiny a zákona o ochraně zemědělského půdního fondu, to jest mimo oblast územního plánování.
Územní ochrana plochy pro funkci odlišnou od stávajícího využití území se naopak vždy uplatní v územním a jiném správním řízení, kterým se povoluje změna využití tohoto území. V něm je zvažován soulad s veřejnými zájmy, vyjádřenými v regulativech. Regulativy jsou podkladem pro toto správní řízení a pro případné stanovení podmínek v povolujícím rozhodnutí. Proto musí být formulovány s právní přesností a nemohou obsahovat omezení, která nejsou vymahatelná.
Cílem je dosažení přirozené druhové skladby bioty odpovídající trvalým stanovištním podmínkám (u antropicky podmíněných ekosystémů též trvalým antropickým podmínkám). Tomuto cíli musí být podřízeny vedlejší funkce biocentra (tj. např. produkční funkce). Rušivé činnosti (jako je umisťování staveb, pobytová rekreace, intenzivní hospodaření atd.) a činnosti snižující ekologickou stabilitu jsou nepřípustné.
Cílem je umožnit migraci všech organismů mezi biocentry, nikoliv jejich trvalou existenci v biokoridoru. Proto jsou zde přípustné širší možnosti hospodářského využití. Za určitých podmínek může být biokoridor z části tvořen antropickými společenstvy s dostačující ekologickou stabilitou (extenzívní sady, trvalé travní porosty aj.). Možné je souběžné vedení biokoridorů s účelovými komunikacemi, rekreačními trasami atd. V nezbytných případech je podmíněně přípustné povolování liniových staveb (příčné křížení), vodohospodářských zařízení, čistíren odpadních vod atd. Ostatní změny a činnosti zhoršující ekologickou stabilitu jsou vyloučeny.
Realizace je vázána na splnění výše zmíněných zákonných podmínek. Do jejich splnění je právo na stávající využití území zaručeno. Nelze připustit takovou změnu ve využití území, která budoucí realizaci znemožní nebo výrazně ztíží.
Realizace je podmíněna mj. řešením vlastnických vztahů v projektu ÚSES, komplexních pozemkových úpravách nebo lesních hospodářských plánech. Práva vlastníků pozemků na stávající využití jsou přitom chráněna (Ústavní Listina - Občanský zákoník - Stavební zákon - ostatní platné právní předpisy). Nedojde-li k dohodě, je jejich omezení možné pouze za zde stanovených podmínek. (K těmto podmínkám patří: omezení se děje ve veřejném zájmu, na základě zákona, pro účel v něm výslovně uvedený, jen v nezbytném rozsahu, prokáže-li se, že tohoto účelu nelze dosáhnout jinak, za náhradu a podle procesních pravidel stanovených stavebním zákonem). V případě ÚSES se poskytuje náhradní pozemek. Nejčastějším způsobem zajištění pozemků pro zakládané (chybějící) prvky bude realizace ÚSES na státní půdě nebo poměrným krácením v rámci komplexních pozemkových úprav.
Z těchto důvodů se územní plán omezí na stanovení regulativů zachovávajících stávající podmínky pro budoucí realizaci ÚSES, to je na vyloučení činností a změn využití území zhoršujících jeho ekologickou stabilitu.
K závazné části územního plánu patří grafické vyjádření regulativů, tedy i vymezení prvků ÚSES. Dojde-li při následném zpracování oborových dokumentací k úpravě vymezení navrhovaného prvku ÚSES, která respektuje metodické principy ÚSES a výsledky řešení územního plánu (soulad ÚSES s ostatními funkcemi území), není to důvodem k zadání změn územního plánu.