Ústav územního rozvoje vznikl 1.9.1994 rozhodnutím ministra hospodářství ČR č. 42/1994.
V souladu s § 51 zákona č. 219/2000 Sb. se stal ÚÚR od 1. 1. 2001 organizační složkou státu. Na základě ustanovení tohoto zákona bylo vydáno rozhodnutí č. 47 ministra pro místní rozvoj ze den 27. 9. 2001 Opatření o změně zřizovací listiny ÚÚR.
Náplň činnosti ústavu je zřizovací listinou v upraveném znění vymezena takto:
V roce 2001 probíhala činnost ústavu na všech úsecích, daných zřizovací listinou.
Práce byly zajišťovány pracovníky ústavu, pomocí kooperantů formou smluv o dílo a dohodami o provedení práce v souladu s upraveným zněním zřizovací listiny ze dne 27.2.1998.
Zadávání, vedení a kontrola úkolů je prováděna odborem, který úkol zadal a Odborem územního plánování, který je dle opatření č. 4/1999 zřizovatelským odborem ÚÚR. Zaměření práce, stejně jako rozsah a obsah jednotlivých úkolů, byly průběžně projednávány se zadavateli úkolů, zejména formou tzv. kontrolních dnů a oponentur.
Úkoly byly zadávány především odborem územního plánování MMR, dále pak odborem koncepce regionálního rozvoje, odborem realizace regionálních programů, odborem koncepce bytové politiky, odborem realizace a rozvoje cestovního ruchu a odborem regionálních pracovišť.